Babel 1.6 HowTo：分子構造記述ファイルコンバータの移植

移植の経緯と準備

　Babelは、アリゾナ州立大学のPat WaltersさんとMatt Stahlさんによって開発された、分子の構造を記述するファイルのコンバータである。Alchemyやpdbをはじめとする多種のファイルを読み込んで、別の形式に変換することができる。Mac版はMacBabel1.03というのが一時期出回っていたが、最近はMac版のサポートは止まっている。

　実はちょっと調べものをしていて、macmoleculeという分子の立体構造表示ツールの形式で保存された小さなサイズの分子の構造データをダウンロードしてきた。しかし、手持ちのRasMolなどのツールはこの形式には対応していない。そこでこれを何とか読める形に変換しようと考えた。

　Babelの古いバージョンはMacに移植されていた。MacBabel1.03というものである。しかし、MacBabel1.03のno FPU版は私の環境(PM7200/132,OSJ1-8.1)では動かない。FPU版は68K Mac用とされており、power mac ユーザはno FPU版を使うように書かれているが、システムが新しくなりすぎたらしい。PowerPCカードを入れたCentris(漢字Talk7.5)でもだめで、研究室で動いているうちで一番古いIIci(漢字Talk7.1)なら動くという状態で、これから先いつまで動いてくれるかわからず甚だ心もとない。新しいバージョンが出てないものかとだいぶ探したが、探し方が悪かったのかMac版についてはとうとう見つからずじまいであった。誰かMac版の新しいものについて知ってたら教えてください。私が作業しなくても済みます。

　幸いにしてBabel 1.6のソースは公開されているので、これをMacに移植することを試みた。

　まず、ネットサーチでbabel, structureあたりをキーワードにして、ダウンロードできそうなところを探し、babel-1.6.tar.zという名前（元ファイルを消したので、'_'だったか'.'だったかあやふやだm(_ _)m）のファイルをとってきた。uncompressしてtarで展開すると、babel1-6というフォルダの下にソースが全部そろう。Makefileも付いており、linuxの環境ではmake一発でビルドできた。linuxなので、当然シェルからコマンドを叩いて、引数を与えて動かすわけである。

　Makefileをみた限り、特殊なライブラリは一切使っていないので、比較的容易にMacで動かすことができるようなのでちょっと安心した。

　ソースが公開されているので個人的に利用する分にはどう使おうがかまわないと思われるが、移植したものを公開してよいかどうかは、まだ作成者に了解を得ていないので不明である。そこで、移植の手順を公開し、プログラムのソースの公開は引用の範囲にとどめることにする。

　無事に移植できれば、以下のようなファイルのコンバートができるようになる（はず）である。また、ちゃんとしたMacアプリにするところまで行けば、それなりに使いやすくなるはずであるが、これは私にそれだけの余裕がこの先あるかどうかわからないので何とも言えない。なお、私が必要にせまられて始めたことであり、私自身はいろんなファイル形式に馴染みがあるわけではないので、できるだけ元のプログラムを残す形で移植する方針でいくので、元プログラムの不具合をはじめ、何かあったらお教えください。（できれば修正してくれるとありがたいです^^）なお、元の作者同様、このプログラムの運用に関してはat your own liskでやってください。

入力ファイル出力ファイル
Alchemy file
AMBER PREP file
Ball and Stick file
MSI BGF file
Biosym .CAR file
Boogie file
Cacao Cartesian file
Cambridge CADPAC file
CHARMm file
Chem3D Cartesian 1 file
Chem3D Cartesian 2 file
CSD CSSR file
CSD FDAT file
CSD GSTAT file
Dock Database file
Dock PDB file
Feature file
Free Form Fractional file
GAMESS Output file
Gaussian Z-Matrix file
Gaussian 92 Output file
Gaussian 94 Output file
GROMOS96 (A) file
GROMOS96 (nm) file
Hyperchem HIN file
MDL Isis SDF file
M3D file
Mac Molecule file
Macromodel file
Micro World file
MM2 Input file
MM2 Output file
MM3 file
MMADS file
MDL MOLfile file
MOLIN file
Mopac Cartesian file
Mopac Internal file
Mopac Output file
PC Model file
PDB file
PS-GVB Input file
PS-GVB Output file
Quanta MSF file
Schakal file
ShelX file
SMILES file
Spartan file
Spartan Semi-Empirical file
Spartan Mol. Mechanics file
Sybyl Mol file
Sybyl Mol2 file
Conjure file
UniChem XYZ file
XYZ file
XED file
 DIAGNOTICS file
Alchemy file
Ball and Stick file
Batchmin Command file
Cacao Cartesian file
Cacao Internal file
CAChe MolStruct file
Chem3D Cartesian 1 file
Chem3D Cartesian 2 file
ChemDraw Conn. Table file
Conjure file
Conjure Template file
CSD CSSR file
Feature file
Fenske-Hall ZMatrix file
Gamess Input file
Gaussian Cartesian file
Gaussian Z-matrix file
Gaussian Z-matrix tmplt file
Hyperchem HIN file
Icon 8 file
IDATM file
Mac Molecule file
Macromodel file
Micro World file
MM2 Input file
MM2 Ouput file
MM3 file
MMADS file
MDL Molfile file
Mopac Cartesian file
Mopac Internal file
PC Model file
PDB file
Report file
Spartan file
Sybyl Mol file
Sybyl Mol2 file
MDL Maccs file file
XED file
UniChem XYZ file
XYZ file

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